Universitas Muhammadiyah Purwokerto merupakan alih bentuk dari IKIP Muhammadiyah Purwokerto yang didirikan tanggal 5 April 1965 bertepatan dengan hari Senin Pahing 3 Dulhijah 1896 Be atau 3 Dzulhijah 1384 H yang merupakan cabang IKIP Muhammadiyah Surakarta cabang Purwokerto terdiri dari dua fakultas yaitu Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP) dan Pendidikan Umum. Pada tahun 1968 IKIP Muhammadiyah Surakarta Cabang Purwokerto memisahkan diri dari induknya dan berubah menjadi IKIP Muhammadiyah Purwokerto dengan Rektor pertama IKIP Muhammadiyah Purwokerto adalah Drs. H. Djarwoto Aminoto Tahun 1974/1975 IKIP Muhammadiyah Purwokerto membuka fakultas baru, yaitu Fakultas Keguruan Ilmu Sosial (selanjutnya menjadi FPIPS) dengan jurusan Pendidikan Geografi. Pada tahun 1981/1982 Fakultas Keguruan Seni dan Sastra dibuka dengan jurusan Pendidikan Bahasa & Sastra Indonesia dan Pendidikan Bahasa Inggris.
Tahun 1983/1984 IKIP Muhammadiyah Purwokerto membuka tiga jurusan baru, yaitu Jurusan Pendidikan Moral Pancasila dan Kewargaan Negara (PMP-KN), Jurusan Pendidikan Sejarah yang bernaung di bawah Fakultas Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial (FPIPS) dan Jurusan Psikologi Pendidikan dan Bimbingan (PPB) sebagai bagian dari Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP). Selanjutnya pada tahun 1984/195 berdiri Fakultas Tarbiyah IKIP Muhammadiyah Purwokerto yang embrionya berasal dari Fakultas Tarbiyah Institut Agama Islam Muhammadiyah.
Pada tahun1985 IKIP Muhammadiyah Purwokerto merelokasi kampusnya dari JL. Dr. Angka ke Dukuhwaluh Purwokerto. Perpindahan ini berlangsung secara bertahap. Proses perpindahan ini baru selesai dengan ditandai seluruh kegiatan dan perkantoran IKIP Muhammadiyah ke Dukuhwaluh pada tanggal 1 Oktober 1986. Selanjutnya pada tahun akademik 1987/1988 dibuka Fakultas Pendidikan Matemetika dan Ilmu Pengetahuan Alam dengan dua jurusan, yaitu jurusan Pendidikan Matematika dan Jurusan Pendidikan Biologi.
Tahun 1995 dengan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan No.345/DIKTI/Kep/1995 tertanggal 26 Juli 1995 tentang Perubahan Bentuk Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan Muhammadiyah Purwokerto di Purwokerto menjadi Universitas Muhammadiyah Purwokerto di Purwokerto. Jadi setelah 30 tahun lebih berbentuk Institut Keguruan Ilmu Pendidikan sejak tanggal 26 Juli 1995 menjadi Universitas Muhammadiyah Purwokerto. Perubahan ini membawa konsekuensi, yaitu penutupan IKIP Muhammadiyah Purwokerto, penyesuaian dan penyempurnaan antara nama universitas, fakultas, dan program studi. Dalam Diktum Kedua Surat Keputusan tersebut juga diberikan status terdaftar pada fakultas-fakultas baru beserta jurusan dan program studinya, yaitu Teknik (Sipil dan Kimia), Pertanian (Sosial Ekonomi dan Budidaya Tanaman Holtikultura), Perikanan (Budidaya Perairan dan Manajemen Sumberdaya Perairan), dan Fakultas Ekonomi (Manajemen S1/ D3, Akuntansi S1/D3) yang didirikan tanggal 1 Juni 1995. Tanggal 9 Oktober 1997 Fakultas Tarbiah Universitas Muhammadiyah Purwokerto yang dikuatkan dengan SK Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam No.E/326/1999 tertanggal 14 Oktober 1999. Kemudian pada tanggal 8 April 1998 Fakultas Psikologi menyusul dibuka dengan Program Studi Psikologi untuk jenjang S1 dengan SK Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI No.113/DIKTI/KEP/1998. Pada Tahun Akademik 2000/2001 Universitas Muhammadiyah Purwokerto dengan Surat Keputusan Dirjen DIKTI No.226/DIKTI/KEP/2000 tanggal 13 Juli 2000 membuka fakultas-fakultas baru, yaitu Fakultas Sastra, Fakultas Hukum, Fakultas Farmasi dan mengembangkan Fakultas Perikanan menjadi Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan serta membuka jurusan Teknik Elektro pada Fakultas Teknik.
Hingga saat ini UMP telah memiliki 11 Fakultas dengan 33 Program Studi. UMP saat ini telah berkembang menjadi salah satu perguruan tinggi swasta yang diperhitungkan, ini terlihat dengan terus meningkatnya jumlah mahasiswa yang diterima. Dengan didukung oleh sarana dan prasarana yang memadai UMP membekali para lulusannya dengan ilmu pengetahuan yang baik yang dibalut dalam jiwa Islam, sehingga diharapkan lulusan UMP dapat menjadi "Rahmatan Lil 'Alamin".
